Ethan Burke különleges ügynök világos küldetéssel érkezik az idahói Wayward Pines-ba: meg kell találnia és haza kell juttatnia két társát, akik egy hónappal korábban tűntek el az idilli kisvárosban. Mielőtt azonban felvehetné a kapcsolatot a helyi erőkkel, baleset áldozata lesz. Kórházban tér magához, igazolvány, mobiltelefon és aktatáska nélkül. S bár a személyzet nagyon kedves vele, őt mégis nyugtalanítja valami.
Ahogy telnek a napok, Ethan nyomozása egyre több kérdést vet fel. Miért nem tudja felhívni a feleségét és a fiát? Miért nem hiszik el a helyiek, hogy ő különleges ügynök? S mi célt szolgál a várost körülvevő elektromos kerítés? A lakosokat akarják bent tartani vele? Vagy valami mást odakint? Nyomozásának végére Ethan szörnyű dolgokra döbben rá: talán soha nem jut ki élve Wayward Pines-ból, mert ő már nem ugyanaz az ember, aki egykoron volt.